次官
第一次官 エフゲニー・ディートリチ
次官兼国家書記(官房長)セルゲイ・アリストフ
次官 ニコライ・アサウル、ニコライ・ザフリャピン、ヴァレリー・オクロフ、ヴィクトル・オレルスキー、アレクセイ・ツィデノフ
中央部局
連邦運輸省には、本省に以下の部局(Департамент)が設置されています。
国家民間航空分野政策局
国家道路インフラ整備分野政策局
国家道路都市交通分野政策局
国家道路都市交通分野政策局
国家鉄道運輸分野政策局
国家海上河川運輸分野政策局
国際協力局
法務支援・法制活動局
開発計画局
資産関係・国土計画局
行政管理局
運輸安全局・特別プログラム
経済・財務局
国家国境検問所配置分野政策局
特別部局
外局
連邦運輸省には、外局として以下の庁(служба)、局(агентство)が設置されています。
連邦運輸監督庁(ロストランスナドゾル)
連邦航空運輸局(ロスアヴィアツィア)
連邦道路局(ロスアフトドル)
連邦鉄道運輸局(ロスジェルドル)
連邦海洋河川運輸局(ロスモレッチェフロート)